马克思主义理论一级学科硕士点
嘉兴学院马克思主义理论一级学科硕士点依托马克思主义学院、红船精神研究中心，涵盖马克思主义基本原理、马克思主义中国化研究、思想政治教育、中国近现代史基本问题研究等四个二级学科，其中马克思主义在中国早期传播研究、中共创建史研究、红船精神研究等具有鲜明特色。
现有硕士生导师20余人，其中享受国务院特殊津贴专家1人，中宣部宣传思想文化青年英才1人，浙江省高校中青年学科带头人3人，浙江省新世纪“151工程”人才1人。柔性聘任全国知名专家4人。近年来与浙江师范大学、延安大学、东北石油大学联合培养研究生20多名。
拥有教育部人文社科重点研究基地“嘉兴学院中国共产党革命精神与文化资源研究中心”“教育部全国高校思想政治理论课教师社会实践研修基地（嘉兴学院）”、浙江省哲学社会科学重点研究基地“嘉兴学院浙江省中国共产党创建史研究中心”“浙江省习近平新时代中国特色社会主义思想研究中心嘉兴学院基地”“浙江省中国特色社会主义理论体系研究中心嘉兴学院研究基地”、浙江省2011协同创新中心“浙江省红色文化研究与传承协同创新中心”等多个省部级平台。
近年来，获批省部级及以上科研项目59项，其中国家社科基金重大招标项目1项，重点项目1项，一般项目8项；相关研究成果获得省部级奖项10余项，其中教育部第八届高等学校科学研究优秀成果奖（人文社会科学）一等、二等各1项；相关教学成果获得浙江省教学成果奖特等、二等各1项。
材料与化工专业学位硕士点
嘉兴学院材料与化工专业学位硕士点依托生物与化学工程学院、材料与纺织工程学院，涵盖材料工程、化学工程、纺织工程等三个专业领域。现有硕士生导师120余名，其中全职院士1名、柔聘院士2名，浙江省“万人计划”创新领军人才等省部级人才5名；近五年联合培养研究生400余人。
应用化学、纺织工程和高分子材料与工程专业为浙江省一流本科专业建设点，化学、纺织科学与工程为浙江省一流学科，化学学科进入ESI全球前7‰。拥有省重点实验室、省工程研究中心、省重点创新团队、省国际科技合作基地等4家省级平台，科研设备总值超1.5亿元。近五年承担国家、省部级等各类科研课题近500项，总经费近1亿元；获得省部级以上科研成果奖12项。
与嘉兴港区开发建设管理委员会、浙江嘉化能源股份有限公司、长三角氢能产业促进会等共建了清洁能源现代产业学院，与浙江嘉化能源股份有限公司联合创办了嘉兴学院•嘉化能源未来技术学院，与三江化工、卫星石化、新凤鸣集团、万凯新材料、华友钴业和嘉欣丝绸等大型企业建立了研究生培养基地，聘请了一批产业教授和技术专家参与人才培养，形成了特色鲜明的“政产学研用”协同育人模式 。
会计硕士（MPAcc）
嘉兴学院会计硕士（MPAcc）专业学位授权点依托商学院，涵盖会计理论与实务、审计理论与实务、大数据与管理会计等三个领域。会计学专业是嘉兴学院办学历史最悠久的专业，始于1914年，新中国成立后，曾被誉为中国有色金属行业培养会计人才的“摇篮”，现为国家级一流本科专业建设点。
现有硕士生导师30余人，拥有浙江省“万人计划”教学名师、省教学名师、省高校领军人才、省高校中青年学科带头人、省优秀教师、省“三育人先进个人”等荣誉称号获得者15人。与浙江财经大学、江西理工大学等联培研究生240余人。签约MPAcc实践基地30余家，聘请校外实践导师50余人。
近五年来，承担国家及省部级以上科研项目50余项、企业委托课题60余项（重大重点委托10余项）。建有浙江省新型高校智库“长三角一体化发展研究中心”、浙江省科技厅首批软科学研究基地“嘉兴学院跨区域产业链风险管理与协同创新基地”、嘉兴公共财政研究中心、嘉兴市民营经济研究会等多个学科平台。
